Naprapaatti käyttää monipuolisia hoitomenetelmiä apunaan ja hoidolla pyritään palauttamaan ja lisäämään potilaan työ- ja toimintakykyä sekä ennaltaehkäisemään tuki- ja liikuntaelimistön sairauksia ja toimintahäiriöitä.
Naprapatian hoitomenetelmät pohjautuvat kansallisiin ja kansainvälisiin hoitosuosituksiin. Naprapaatin käyttämiä passiivisia ja aktiivisia hoitomuotoja ovat:
Lisäksi hoidon apuna voidaan käyttää erilaisia fysikaalisia hoitomenetelmiä, kuten lämpö-, kylmä- ja sähköhoitoja. Myös erilaisia teippauksia voidaan käyttää hoidon tukena.
Pääasiassa naprapaatin hoidon tarkoituksena on normalisoida nivelten liikkuvuutta ja pehmytosien toimintaa sellaisissa nivelissä, joiden liikkuvuus on häiriintynyt sekä tätä kautta vähentää kipua. Mikäli vaivan syyn tarkka selvittäminen ei ole mahdollista on hoito tällöin oireenmukaista, kuten kivun lievitystä ja toimintakyvyn parantamista.