Pehmytkudoskäsittelyinä naprapaatti käyttää erilaisia lihasvenytystekniikoita, hierontaa, mobilisoivaa hierontaa, lihaskalvovenytyksiä sekä triggerpistekäsittelyä.
Tilanteesta riippuen pehmytkudoskäsittelyitä voidaan käyttää yksinään tai myös esihoitona nikama- ja nivelkäsittelyille. Pehmytkudoskäsittelyt pyritään kohdistamaan niihin kudoksiin, joissa se on tarpeen. Pehmytkudoskäsittelyt kuten hieronta tai venyttelyt vaikuttavat useisiin kudoksiin samanaikaisesti kuten lihaksiin, lihaskalvoihin eli faskioihin, hermoihin ja verenkiertoon.
Naprapaatti voi käyttää pehmytkudoskäsittelyä hoitona mm. lihaskireyksien ja voimakkaiden lihasjännitysten vuoksi.